Het Gein vervult een belangrijke recreatieve functie in de regio. Spaar het Gein is daar zeer blij mee; het verschaft de vereniging argumenten ter behoud en ontwikkeling van het gebied. Dit geldt ook voor het vaarverkeer. De vraag is echter wat het Gein en zijn oevers qua waterrecreatie aankunnen. Vanaf het moment, begin jaren ’90, dat de spoorbrug over het Gein werd vastgezet, bepaalde de hoogte van die brug (circa 0,80 meter boven het waterniveau) lange tijd de doorvaartmogelijkheden. Die waren dus beperkt tot kleinverkeer. In het kader van besluitvorming over de inpassing van de spoorverdubbeling, werd de vraag weer opportuun. Organisaties als de ANWB en de Stichting toervaartrecreatie Nederland willen het Gein opengesteld hebben voor al het vaarverkeer, dus ook voor gemotoriseerd vaarverkeer. Dit heeft zelfs geleid tot een financiele bijdrage van die kant nadat de minister van Verkeer en Waterstaat was bezweken onder de druk van de Tweede Kamer en besloot tot half-verdiepte aanleg van het verdubbelde spoor in plaats van een maaiveldvariant. Met die half-verdiepte variant zou het Gein geblokkeerd blijven voor doorvaart omdat de bovenzijde van de tunnelbak boven het water zou uitsteken en daarmee een dam opwierp die hooguit door kleinverkeer geslecht zou kunnen worden (met een overtoom). Op aandrang (en dus met financiele steun) van voornoemde organisaties besloot de minister vervolgens tot volledig verdiepte aanleg, zodat doorvaart voor vaartuigen met een diepgang van 0,90 meter gegarandeerd werd.
Een diepgang van 90 cm lijkt beperkt, maar deskundigen weten dat deze de doorvaart van behoorlijk forse vaartuigen toelaat. Forser dan de vereniging Spaar het Gein lief is. Inmiddels is het aquaduct in gebruik genomen en is de vaste spoorbrug vervangen door de Jan Swinkelsbrug, een fiets- en voetgangersbrug. Weliswaar vormen het ‘Nauwe Gein’ (het smalle stuk in de bebouwde kom) en de ophaalbruggen in Abcoude nog steeds een fysieke barriere die een beperking oplevert voor grootschalige doorvaart, maar de vereniging wil desondanks graag waarborgen voor een acceptabele, Gein-vriendelijke doorvaart. De inzet van de vereniging is gericht op kleinverkeer zoals kano´s en roeiboten. Zij zal die inzet bij de betrokken instanties kenbaar (blijven) maken.
Een op dit punt belangrijke speler in het veld vormt de provincie Utrecht. De doorvaart in het Gein werd genoemd (en mogelijk gemaakt) in het ontwerp-streekplan van die provincie. In een bedenking stelde Spaar het Gein onder meer dat openstelling alleen voor kano’s en roeiboten zou moeten gelden. In de ‘nota van beantwoording’, behorend bij het streekplan, gaven provinciale staten aan dat het Gein zeer geschikt is voor de niet gemotoriseerde toervaart en route’s, maar dat de vraag of Gein daadwerkelijk als route voor gemotoriseerde toervaart kan gaan functioneren, “een punt van nader onderzoek is”. “Daarbij moeten ook infrastructurele knelpunten en het belang van waardevolle oeverlanden worden meegenomen.” De uitkomsten van dat onderzoek zijn (nog) niet bekend gemaakt.
Een andere belangrijke speler is het Hoogheemraadschap Amstel Gooi en Vecht. Dat bestuursorgaan heeft vooralsnog wel gemotoriseerd vaarverkeer toegelaten, maar ook een snelheidsbeperking afgekondigd. Ook heeft het hoogheemraadschap stoplichten aan beide zijden van het Nauwe Gein geïnstalleerd, die moeten voorkomen dat daar opstoppingen ontstaan. De vraag is in hoeverre die snelheidsbeperking zal worden nageleefd. De vraag is ook hoe druk het Gein zal worden bevaren als het doorvaartmogelijkheid meer bekendheid krijgt. Spaar het Gein houdt de vinger aan de pols.
Op 21 september 2010 heeft het hoogheemraadschap het Verkeersbesluit vaarwegen gewijzigd. Spaar het Gein heeft daartegen een bezwaarschrift ingediend.